"מכון המקדש" עוסק קרוב ל-20 שנה בהשבת נושא "בית המקדש" לחזית המחשבה היהודית ובקידום העיסוק היומיומי בנושא זה. בין השאר שוחזרו במכון רוב כלי המקדש והם מוצגים לציבור בתערוכת המכון בירושלים. המכון גם פועל לקרב את מושגי המקדש ולהמחישם כך שיהיו מובנים יותר.לצורך כך נבנה במכון דגם מדויק של בית המקדש וכן צוירו על ידי אמנים ידועי שם ציורי שמן מרהיבים המתארים את חיי המקדש.

המכון רואה חשיבות עליונה בכך שיותר ויותר יהודים יעסקו בלימוד ובעשייה בעניינים הקשורים למקדש מתוך תפיסה שהמקדש הוא מרכז החיים היהודיים ומהווה קשר חי בין עם ישראל לאביו שבשמים.לצורך מימוש שאיפות אלו מעודד המכון את המודעות לנושא המקדש בכל שכבות עם ישראל בארץ ובעולם באמצעות פעילויות חינוכיות מגוונות.

תערוכת כלי המקדש
המוקד המרכזי בעבודת המכון הינו ייחודי : שיחזור "כלי השרת", כלי הקודש לעבודת המקדש. המבקרים במכון יכולים לחזות במו עיניהם במה שלא נראה בעולם כ- 2000 שנה. המוצגים ב"תערוכת כלי המקדש" עוצבו על ידי מיטב האמנים בישראל באופן התואם במדויק את הדרישות ההלכתיות והתיאורים בתנ"ך ובדברי חז"ל במשנה , בתלמודים וברמב"ם.
כלי קודש אלו עשויים מזהב, כסף ונחושת. התורה מונה 93 כלים שונים, מתוכם שוחזרו כבר על ידי המכון כ- 70. בין הכלים ששוחזרו ומוצגים בפני הציבור בתערוכת המכון, שלושת הכלים המרכזיים שעמדו בהיכל : המנורה , שולחן לחם הפנים ומזבח הקטורת. כן ניתן לצפות בתערוכה בכיור,בכלי הנגינה של הלויים - הכינור, הנבל והחצוצרות, במזרקות לקבלת דם הקרבנות, כלים לניסוך המים והיין ועוד.
בנוסף לשחזור הכלים מוצגים בתערוכה עשרות ציורי שמן מרהיבים שצוירו על ידי ציירים ממיטב ציירי ישראל. ציורים אלו ממחישים באופן מדויק את תולדות המקדש ,עבודת המקדש, ואת מרכזיותו של המקדש בעם ישראל.
כמו כן מוצג בתערוכה דגם מדויק ומשוכלל בית המקדש השני, עשוי משיש ומזהב בגודל 2 מ' X 1 מ'. בדגם ניתן לראות בבירור את מבנה המקדש לפרטיו, המזבח החיצון, העזרה, עזרת הנשים, הלשכות ועוד.

המבקרים בתערוכה מוזמנים גם לצפות באחד מסרטי מכון המקדש:
א. "ושכנתי בתוכם" - על תולדות המקדש במהלך הדורות.
ב. "כוהנים בעבודתם" - על העבודה היומיומית של הכוהנים במקדש
ג. "פסח במקדש" - על חג הפסח במקדש, העלייה לרגל וקרבנות החג.

בשנת תשס"ה ביקרו בתערוכה כ- 100,000 מבקרים

ישיבת "בית הבחירה" ומכון המחקר התורני:
במסגרת שאיפתו של "מכון המקדש" לדיוק ולאוטנטיות פועל לצד המכון כולל תורני שבו צוות מחקר העוסק בחקר המקדש על כל מרכיביו: מבנה המקדש ולשכותיו, הכלים , הבגדים, הצמחים, הצבעים, אבני החושן.
צוות המחקר של המכון מורכב מתלמידי חכמים המתמחים במשך שנים רבות בנושא המקדש. כן נעזר המכון במומחים במקצועות השונים: ארכיטקטורה, בוטניקה זואולוגיה, גימונולוגיה, ארכיאולוגיה ועוד.

כיום, בשנת תשס"ה, לומדים בכולל כ- 15 אברכים-חוקרים המתמקדים בשני פרויקטים ייעודיים :
א. הוצאה לאור של אנציקלופדיה ובה כאלף ערכים בנושא המקדש
ב. הוצאה לאור של כעשר מסכתות בתלמוד העוסקות בענייני המקדש בתוספת מאמרים נלווים על כל הנושאים ההלכתיים שבמסכת, הנוגעים למקדש ולעבודתו.
כל זה בנוסף למענה יומיומי על שאלות בתחום המקדש.

המדרשה לידע המקדש
הזרוע החינוכית של המכון היא "המדרשה לידע המקדש". המדרשה ערוכה לקבל את המבקרים בתערוכה להסברת ענייני המקדש השונים.כן פועלת המדרשה כמדרשה ניידת, המגיעה לכל רחבי הארץ: בתי ספר, יישובים, בתי כנסת , מרכזים קהילתיים ועוד. למדרשה צוות מקצועי המורכב מרבנים, מדריכים, מדריכות, ובנות שירות לאומי.

בין הפעילויות המופעלות על ידי המדרשה:
א. הרצאות למבוגרים
ב. ימי עיון לתיכונים, לישיבות ולאולפנות
ג. תערוכה ניידת של כלי המקדש
ד. תוכניות בר מצווה ובת מצווה
ה. מסיבות סידור וחומש
ו. יום שכולו מקדש בבתי ספר
ז. בנה את המקדש/המשכן
ח. פעילויות לגני הילדים
ט. הכנה לפרקי בקיאות בתנ"ך

בשנת תשס"ה הגיעה המדרשה לכ- 70,000 איש ואישה ילדה וילד ברחבי הארץ.

בית האומן העברי - מרכז מכירות למוצרי המקדש
אחת ממטרות ממכון המקדש היא להפיץ את נושא המקדש בקרב הציבור הרחב. במסגרת זו מייצר המכון מוצרים שונים בידי אומנים בתחומים מגוונים. לשם כך הוקם "בית האומן העברי" המייצר ומפיץ מאות מוצרים העוסקים בעולם המקדש:
א. ספרים : מחזורי המקדש, סידור המקדש, משניות המקדש,הגדה של פסח, ספר המקדש, אנציקלופדיה מצוירת "בית המקדש בירושלים", "אורו של מקדש", "בית הבחירה" ועוד
ב. ספרי ילדים : עד כה הופיעו- בעקבות מנורת המקדש, המסע המופלא למקדש, צלוחית הזהב, דניאל איש חמודות ועזרא הסופר, השער המופלא, מקדשנו המקדש ועוד.
ג. חוברות עזר ללימוד- "בוני המקדש" ללימוד מסכת מידות, חוברות עזר ודפי עזר ללימוד פרשיות ספר ויקרא.
ד. משחקים: פאזל 25 חלקים המקדש מבט מלמעלה, פאזל 250 חלקים "העלייה לרגל", רביעיות כלי המקדש, משחק "מקדש מלך", ערכות להרכבת המקדש מעץ או מקרטון.
ה. תמונות וציורים- ציורי שמן בהדפס על קנוואס, פוסטרים, גלויות, מצעיות שולחן ועוד
ו. קלטות ודיסקים - תקליטור סיור וירטואלי של המקדש, סרטי המקדש (כוהנים בעבודתם, פסח במקדש, ושכנתי בתוכם, מעשה המנורה), קלטות וידיאו ואודיו מעולם המקדש.
ז. מזכרות - דגל מקדש, מגנט למקרר, מחקים, מחזיקי מפתחות, ערכת אבני החושן, ערכת סממני הקטורת
ח. תכשיטים- שרשראות של ירושלים, המנורה וירושלים ; תליונים ; קריסטלים של המנורה , כינור דוד, ארון הברית, פמוטים.