המדרשה לידע המקדש פועלת כזרוע החינוכית של 'מכון המקדש'. המדרשה פועלת בפיקוח 'איגוד המדרשות ליהדות' במשרד החינוך.
המדרשה מתמחה בכל הקשור לתוכניות ופעילויות בעניני ירושלים ובית המקדש: הרצאות, ימי עיון, הצגות, סדנאות, הפעלות ועוד.
ניתן לפעול הן בבית הספר או בקהילה - בכל רחבי הארץ, ולחילופין בירושלים במתחם תערוכת כלי המקדש המשוחזרים ברובע היהודי.
