ראשית, במקורות ישנה התייחסות לגבי בית הכיסא במקדש.

המשנה הראשונה במסכת תמיד מתארת את לשכת בית המוקד וכך אומרת: "בית המוקד כיפה ובית גדול היה מוקף רובדים של אבן, וזקני בית אב ישנים שם, ומפתחות העזרה בידם, ופרחי כהונה איש כסתו בארץ... אירע קרי לאחד מהן יוצא והולך לו במסיבה [=מדרגות סיבוביות] ההולכת תחת הבירה [=תחת המקדש], והנרות דולקין מכאן ומכאן עד שהוא מגיע לבית הטבילה ומדורה היתה שם, ובית כסא של כבוד וזה היה כבודו מצאו נעול יודע שיש שם אדם פתוח יודע שאין שם אדם..." (תמיד א,א וכן במסכת מידות א,ח-ט).

אם כן, מפורש שהיה בית כיסא לצורך הכהנים העובדים במקדש. כמובן שהוא לא היה במקדש עצמו אלא במחילות תת קרקעיות. הראב"ד (תמיד כו,א) מוסיף, שהמיקום של בית הכיסא לא היה מכוון מתחת המקדש ממש, אלא בסמוך לו. דבר זה גם נפסק להלכה ברמב"ם (הלכות בית הבחירה ה,יא; ראה גם ח,ז).

באשר לבתי הכיסא שהיו לצורך עולי רגלים, אכן לא מצאתי התייחסות מפורשת לדבר. אך אין מניעה שהיו בתי כיסא בתוך מתחם הר הבית במחילות, שהרי המחילות לא התקדשו בקדושת הר הבית (רמב"ם הלכות בית הבחירה ו,ט). או שהיו מחוץ להר הבית, בסמוך למקוואות הרבים שהיו מחוץ להר הבית, כפי שהתגלה בחפירות בסביבות הר הבית. ואף שהיו אנשים רבים. היו גם שערים רבים וגדולים והדבר נראה אפשרי, וכפי שיש כיום שירותים בסמוך לרחבת הכותל המשמשים את המבקרים הרבים בחגים.

יש לציין כי מי רגלים וצואה כשלעצמם אינם מטמאים, ולכן מצד זה אין בעיה שהיו שירותים בהר הבית, אלא שאין בזה כבוד, שהרי אין מכניסים מי רגלים למקדש אפילו לצורך מעשה הקטורת, כפי שמובא בברייתא במסכת כריתות (ו,א), וייתכן שיש איסור בדבר מטעם מורא מקדש, כשם שאסור ללכת בנעליים או לירוק בהר הבית.

להרחבה: ראה ספרו של הרב הלל בן שלמה 'מורא מקדש' (הוצאת 'מכון המקדש') בעיקר בפרק טז.