עניין זה שנוי במחלוקת. לענ"ד, אישה שטובלת בסוף שבעה נקיים, וכן כלה, יכולה להיכנס להר הבית רק ביום הבא (על פי ההגדרה ההלכתית של "יום"). כלומר: אם טבלה, כמקובל, אחרי צאת הכוכבים, תיכנס להר הבית רק אחרי צאת הכוכבים הבא (בפועל, מאחר שכיום אין כניסה להר הבית בלילה, המשמעות היא שמי שטובלת בלילה שבין ראשון לשני תיכנס רק ביום שלישי בבוקר). ואם טבלה לפני השקיעה - יכולה להיכנס מיד אחרי צאת הכוכבים.

לעומת זאת, אישה שטבלה כבר בגלל המחזור החודשי וכעת טובלת שוב רק מחמת הטומאה הקלה בשהייתה עם בעלה ("פולטת"), יכולה להיכנס להר הבית מיד אחרי הטבילה.

הרחבה:

הטמא שטבל נקרא "טבול יום" עד סוף יום טבילתו: טבל באמצע היום - עד צאת הכוכבים של אותו יום; טבל בלילה - עד צאת הכוכבים הבא. בחלק מהטומאות קבעה התורה, שלשם השלמת הטהרה, לא די בטבילה, אלא צריך גם להביא קרבן, ועד אז הטמא נקרא "מחוסר כיפורים". באופן כללי "טבול יום" ו"מחוסר כיפורים" מותרים בהר הבית (כלים פ"א מ"ח, וכן שיטת רוב ככל הראשונים). ברם, קיימת שיטה בראשונים (שיטות תוספות והרא"ש, הנתמכת מפשט הסוגיה בנזיר מה ע"א) שטבול יום שהוא גם מחוסר כיפורים מחמת אותה טומאה עצמה שבגללה טבל היום - אסור להיכנס להר הבית עד סוף היום (להרחבה ראו 'שערי היכל' על מסכת זבחים מערכה עז; על דין היולדת בעניין זה ראו שם הערה 20).

התקנה להמתין שבעה נקיים, היא מחשש שמא האישה זבה, ולא רק נידה. זבה מדאורייתא טעונה קרבן, ועל פי זה, לכאורה, כל אישה בימינו הטובלת לנידתה/זיבתה היא "מחוסרת כיפורים", ואינה יכולה להיכנס בעודה "טבולת יום" מחמת זיבתה.

אמנם יש מקום להקל בזה מספק ספיקא: עצם הדין בזבה מסופק, משום שיש דעה המתירה לכל טבול יום להיכנס (שיטת הרמב"ם). וגם חשש הזיבה מסופק, כי החומרא להחשיב את הנשים כזבות, התקבלה כמה דורות אחרי החורבן, ואפשר שהחמירו כך, רק לעניין היתרה לבעלה ולא החמירו לעניין הבאת קרבן (אפילו לא מספק כ"חטאת העוף הבאה על הספק"), וממילא, גם לא לעניין העלייה להר הבית, הנגזר מחיוב הקרבן, כאמור. אך לענ"ד לפחות לגבי כלה, יתכן לחייב קרבן מספק, מפני שהיא טובלת לאחר מספר שנים של ראיית דם ללא מעקב, ויש יותר מקום לחשש שאכן הייתה זבה בפועל. זוהי גם דעת הרב יעקב אריאל שליט"א.

לעומת זאת, אישה שטבלה מטומאת נידתה/זיבתה, וכעבור מספר ימים טובלת שוב רק לצורך עלייתה להר הבית, מחשש לטומאת "פולטת שכבת זרע", הרי לטומאה זו לא קבעה התורה קרבן, וממילא גם "טבולת יום" יכולה להיכנס להר הבית. ואע"פ שהיא גם "מחוסרת כיפורים", כי טרם הביאה קרבנות שהיא חייבת, כגון קרבן יולדת, אין קשר בין טבילתה כעת לבין חיובים אלה, ולא על כך החמירו הראשונים הנ"ל.