במשנה (יומא ז,א) נאמר, שהכהן הגדול מברך שמונה ברכות על קריאתו בתורה. ברכות אלו זהות, בעיקרן, לברכות המלך על קריאתו בתורה במעמד הקהל (סוטה מא,א). אמנם רבו הגרסאות והפירושים באשר למנין הברכות, סדרן ונוסחן.

בנוסח המשנה, כפי שנדפס לפנינו בגמרות, סדר הברכות הוא: תורה, עבודה, הודאה, מחילת העוון, המקדש, ישראל, ירושלים, כהנים, ו"שאר התפילה". סך הכל הן תשע ברכות, ולא שמונה כאמור במשנה, ולפיכך מסתבר, ש"ושאר התפילה" אינו מן המנין, אע"פ שגם "שאר התפילה" נאמר כנוסח של ברכה, ככתוב בברייתא: "וחותם בשומע תפילה". אולם, במקורות רבים מאד בנוסח המשנה חסרות המילים: "ועל ירושלים בפני עצמה", וכבר העירו ראשונים, שיש להשמיט מילים אלו.

מדברי הרמב"ם (הל' עבודת יוה"כ ג,יא לגבי קריאת הכהן הגדול, והמקבילה בהל' חגיגה ג,ד לגבי קריאת המלך בהקהל) עולה, שהנוסח המדויק נקבע על ידי הכהן הגדול עצמו, לפי כשרונו ויכולתו, וזו לשונו: "ומברך על המקדש ברכה בפני עצמה, יהיה עניינה - שיעמוד המקדש ושכינה בתוכו... ומברך על ישראל ברכה בפני עצמה, עניינה - שיושיע ה' את ישראל ולא יסור מהן מלך... ומברך על הכהנים ברכה בפני עצמה, עניינה - שירצה המקום מעשיהם ועבודתם ויברכם". המאירי (יומא סח ע"ב) מוסיף שנוסח הברכה "כולל דברים הצריכים להם לפי הזמן".

להרחבה עיין ב'מחזור המקדש ליום הכיפורים' מאת הרב ישראל אריאל שליט"א, עמ' 39-40, ובספר 'שערי היכל' על מסכת יומא, מערכה קעד.