בתורה נאמרו הגבלות לגבי העלייה להר סיני ואף לגבי המגע בו: "וְהִגְבַּלְתָּ אֶת הָעָם סָבִיב לֵאמֹר הִשָּׁמְרוּ לָכֶם עֲלוֹת בָּהָר וּנְגֹעַ בְּקָצֵהוּ כָּל הַנֹּגֵעַ בָּהָר מוֹת יוּמָת, לֹא תִגַּע בּוֹ יָד כִּי סָקוֹל יִסָּקֵל אוֹ יָרֹה יִיָּרֶה אִם בְּהֵמָה אִם אִישׁ לֹא יִחְיֶה" (שמות יט,יב-יג). ואילו להר הבית ברוב חלקיו מותר לאנשים טמאי מתים לעלות ובלבד שהם טהורים מטומאה היוצאת מן הגוף, ורק במקומות מסוימים בעזרה נאסר על ישראלים לעלות. לכהנים נאסר רק מקום קודש הקדשים, וגם הוא מותר לכהן הגדול ביום הכיפורים, הלכות אלו מפורשות בחז"ל ומבוארות בדברי הרמב"ם בהלכות בית הבחירה פרק ז הלכות יא-כג, וכן בהלכות ביאת מקדש  פרקים א-ג. נמצא שישנן הגבלות חמורות יותר בהר סיני מאשר מצינו לגבי הר הבית, שכן על הר סיני לא הורשה איש לעלות (אולי פרט לאהרן ולשבעים הזקנים כמו שמפורש בשמות כד,א, וראה גם אבן עזרא על שמות יט,יג), בנוסף בהר סיני נאסר לגעת בו, מה שלא מצאנו בהר הבית. כך נאמר במכילתא: "לא תגע בו יד - אין בית עולמים בשום מגע".

מאידך, כל ההגבלות האלו היו רק לזמן מוגבל. שכן התורה מסיימת: "בִּמְשֹׁךְ הַיֹּבֵל הֵמָּה יַעֲלוּ בָהָר" (שמות שם), כלומר לאחר סיום מעמד הר סיני חוזר ההר להיות כאחד ההרים ואין בו קדושה עולמית, כפי שיש בהר המוריה, וכמו שכתב הרמב"ם בתחילת הלכות בית הבחירה: "ואין שם בית לדורי הדורות אלא בירושלים בלבד ובהר המוריה שבה, שנאמר... זאת מנוחתי עדי עד" (בית הבחירה א,ג).

הפירוש המקובל לפסוק לעיל "במשך היבל המה יעלו בהר" הוא שבסיום מתן תורה, בסיום תקיעת השופר האחרונה, קדושת ההר תתבטל, ויהיה ניתן לעלות בהר. אולם במפרשי התורה מובא דבר מעניין בשם ר' סעדיה גאון הקושר בין שתי הקדושות, זו של הר סיני וזו של המקדש, וזו לשון החזקוני: 'במשך היובל', האמת שהוא קרן איל, אבל אינו שופר של מתן תורה, וזה במשך היובל היה לאחר שהוקם המשכן ואז תקע משה בשופר ונתן רשות לעם לעלות", וכן באבן עזרא: "אמר הגאון כאשר יתקע משה בשופר, אז נתן להם רשות לעלות. וזה היה אחר רדת משה ביום הכפורים וצוה לעשות המשכן. המה יעלו בהר... כי הכבוד היה תמיד על ההר עד שנעשה המשכן דכתיב: 'וכבוד ה' מלא את המשכן' (שמות מ, לד). אז דבר עם משה באהל מועד. אולי אז תקע משה בשופר, ונתן לו רשות לעלות בהסתלק הכבוד". כלומר, לפי פירוש זה הקדושה שהייתה בהר סיני משעת מתן תורה לא הסתלקה, אלא עברה לשכון במשכן, ומשם עברה למקדש שילה ומשם למקדש הקבע בירושלים.

לפי זה אין כאן מקום לשאלה מה קדוש יותר, אלא מדובר באותה קדושה שהיא השראת השכינה על עם ישראל שהחלה במעמד הר סיני ונמשכת עד היום הזה בהר המוריה.

במאמר מוסגר ראוי לציין כי הקדושה שיש במקום, אינה קדושה עצמית של המקום אלא קדושה מכח מצוות ה' על המקום, וכמו שכותב הרמב"ם בהלכות בית הבחירה (ז,א): "מצות עשה לירא מן המקדש שנאמר 'ומקדשי תיראו', ולא מן המקדש אתה ירא אלא ממי שצוה על יראתו".