סוגיית הנסים במקדש היא סוגיה רחבה. נשתדל לכתוב את עקרי הדברים.

הרמב"ם כותב באגרת תחיית המתים (מהדורת הרב שילת עמ' שס-שסא): "...שהשתדלותנו והשתדלות כל איש תבונה מהיחידים – היפך השתדלות ההמון. שהמון אנשי התורה, הנאהב שבדברים להם והערב לסכלותם, שישימו התורה והשכל שני קצוות סותר, ויוציאו כל דבר נבדל ומופרש מן המושכל ויאמרו שהוא מופת, ויברחו מהיות דבר על מנהג הטבע, לא במה שיסופר ממה שעבר, ולא במה שייראה בזמן העומד, ולא במה שייאמר שיארע לעתיד. ואנחנו נשתדל לקבץ בין התורה והמושכל, וננהיג הדברים כולם על סדר טבעי אפשר בכל זה, אלא מה שהתבאר בו שהוא מופת ולא ייתכן לפרשו כלל, אז נצטרך לומר שהוא מופת".

דברים אלו של הרמב"ם הם נר לרגלנו, ולפיכך בבחירה בין שני הצדדים – נס וטבע – אנו מעדיפים לנטות לכיוון צד הטבע ככל האפשר, כפי שכתב הרמב"ם.

אם נתבונן ברשימת עשרה הניסים שנעשו במקדש (משנה אבות פ"ה מ"ה), נראה שברובם אין כלל חריגה מהותית מהטבע, והנס אינו אלא העובדה שבמשך זמן רב לא אירעה "תקלה" במקדש. כך נאמר למשל: "לא הפילה אישה מריח בשר הקודש" – אין כאן חריגה מדרך הטבע, שהרי באופן רגיל ונורמאלי, נשים אינן מפילות את עובריהם רק בגלל שהריחו ריח בשר! הנס אינו אלא בכך שמציאות זו התמידה במשך שנים רבות, ולא אירע מעולם שאישה הפילה מריח בשר הקודש. רוב הניסים שנזכרו במשנה באבות תואמים לעיקרון זה: לא הסריח בשר הקודש מעולם (בדרך הטבע לא הסריח, כי הקפידו לשורפו על המזבח לפני שיסריח), לא נראה זבוב בבית המטבחיים (גם היום אין זבובים בבתי המטבחיים, משום ששוטפים את הדם במהירות, וגם במקדש הייתה מערכת ניקוז טובה), לא אירע קרי לכהן גדול ביום הכיפורים (בדרך הטבע, שהרי הכהן הגדול נזהר משינה ומדברים המביאים לידי קרי; וראה להלן), וכן הלאה. אפילו נס שנראה על טבעי ("עומדים צפופים ומשתחווים רווחים"), הרמב"ם (פירוש המשנה אבות ה,ה) מפרשו כנס טבעי: "ובעת ההשתחוויה לא אירע להם דוחק, ולא לחצו קצתם את קצתם, לרוב מוראם במקום ההוא" – כלומר, הצפיפות נמנעה לא מחמת שינוי על טבעי, אלא מכוח העובדה שהכול נהגו שם במורא מקדש.

גם אם לא נפרש את הדברים כשיטה זו, עלינו לומר, שעיקר ההנהגה במקדש הייתה בדרך הטבע, בבנייתו, וכך בדוגמא שאתה מביא – "אמה כליא עורב" שעשו בגג ההיכל כדי שעורבים לא ינוחו שם, והניסים היו היוצא מן הכלל. לפיכך אין להתפלא על כך שההנהגה במקדש הייתה טבעית.

אגב, מה שהזכרת לגבי שמירת המקדש כמו כל מבנה אנושי רגיל – אין זה ברור ששמירה זו נעשתה כשמירת כל מקום רגיל (אם כי יש מקורות התומכים בהבנה זו), שהרי כתב הרמב"ם, לדוגמא: "שמירת המקדש מצוות עשה. ואף על פי שאין שם פחד מאויבים ולא מליסטים, שאין שמירתו אלא כבוד לו, אינו דומה פלטרין שיש עליו שומרין לפלטרין שאין עליו שומרין" (הלכות בית הבחירה פ"ח ה"א).

בהקשר זה, חשוב לציין את דברי התלמוד הירושלמי במסכת יומא (פרק א' הלכה ד'), השואל מדוע לא הניחו לכהן הגדול לאכול מאכלים העשויים להביא לידי קרי? "ולא מן הניסים שהיו נעשים בבית המקדש הן?" [=שלא אירע קרי לכה"ג ביוהכ"פ], והירושלמי משיב: "אמר רבי אבין: על שם לא תנסון. אמר רבי יוסי בי רבי בון: כאן בראשון וכאן בשני". כלומר, לפי התירוץ הראשון, גם אם נעשים ניסים במקדש, אסור לנו - לבני האדם - לסמוך על ניסים אלה, והסומך על ניסים ואינו עושה את כל מה שצריך לעשות כדי למנוע תקלה – עובר על איסור לאו של "לא תנסון את ה' אלקיכם"! ולפי התירוץ השני – כל הניסים שהיו במקדש, לא היו אלא בבית המקדש הראשון, אבל בבית מקדש השני לא היו ניסים והכול נעשה בדרך הטבע.

להרחבה נוספת בסוגיה זו, ראה ספר שערי היכל על מסכת יומא בהוצאת מכון המקדש מערכה לג.