ה"הקטר" הוא ההעלאה לאש, לאו דווקא השלמת השריפה, ואין הכרח לוודא שהשריפה תושלם עד הבוקר. בבוקר, כאשר מפנים את המערכה הגדולה מהאפר ושיירי העצים, אם נשארו אברים שטרם נשרפו - מניחים אותם בצד המערכה עד הכנתה מחדש ואז מחזירים אותם אליה (תמיד פ"ב מ"א ומ"ה).

כך גם לגבי דברים שחובה להקטיר אותם בשעות היום דווקא, כגון המנחות. החובה היא להניח אותם על האש במהלך היום, אפילו לקראת השקיעה, ואין פסול בכך שיישרפו במהלך הלילה (מנחות כו ע"ב ורמב"ם הלכות מעשה הקרבנות פ"ד ה"ד).

ברם, מהמשנה בברכות שציינתם, משתמע שחכמים עשו סייג בהקטרת החלבים והאברים, שאין להעלותם למזבח אחרי חצות הלילה, או שעל כל פנים לכתחילה יש להשתדל להעלותם לפני חצות (הדבר תלוי בשיטות שונות בראשונים, ראו רש"י בברכות שם, שסובר שהסייג לא נאמר על ההקטרה, אלא רק על האכילה, לעומת הרמב"ם בהלכות מעשה הקרבנות פ"ד ה"ב, והרחבה בספר 'שערי היכל' על זבחים, עמ' תשמז-תשמח). לפי זה, מבחינה מעשית בדרך כלל ישרפו האברים עד הבוקר.