ישנם שני פסוקים העוסקים במשיחת אהרן בשמן המשחה בימי המילואים:

הפסוק הראשון הוא בפרשת תצוה (שמות כט,ז): "וְלָקַחְתָּ אֶת שֶׁמֶן הַמִּשְׁחָה וְיָצַקְתָּ עַל רֹאשׁוֹ וּמָשַׁחְתָּ אֹתוֹ". הפסוק השני הוא בפרשת צו (ויקרא ח,יב): "וַיִּצֹק מִשֶּׁמֶן הַמִּשְׁחָה עַל רֹאשׁ אַהֲרֹן וַיִּמְשַׁח אֹתוֹ לְקַדְּשׁוֹ".

הגמרא במסכת כריתות (ה,ב) אומרת: "תני חדא: בתחלה מציק שמן על ראשו ואחר כך נותן לו שמן בין ריסי עיניו, ותני אחריתי: בתחלה נותן לו שמן בין ריסי עיניו ואחר כך מציק לו שמן על ראשו". כלומר ישנה מחלוקת תנאים האם בתחילה יוצקים שמן על ראש הכהן הגדול ואחר כך מושחים אותו בין עיניו, או להיפך.

הרמב"ם (כלי המקדש א,ט) פוסק כדעה הראשונה בגמרא, וכפי שמורה פשט המקראות: "כיצד מושחין את הכהן, צק את השמן על ראשו וסך ממנו על גבי עיניו... שנאמר ויצק משמן המשחה על ראש אהרן וימשח אותו לקדשו".

מדברי הרמב"ם האלו ניתן להבין שמאותו השמן שיצקו על ראשו - ממנו גם משחו בין ריסי עיניו של הכהן הגדול. אך מדברי הגמרא לעיל משמע, שנותנים פעמיים שמן על הכהן, פעם אחת על ראשו ופעם אחת על עיניו, וכן משמע מדברי רש"י על הפסוק בויקרא: "בתחלה יוצק על ראשו, ואחר כך נותן בין ריסי עיניו ומושך באצבעו מזה לזה".

את שמן המשחה שהכין משה "הניחו בכלי לדורות" (רמב"ם הלכות כלי המקדש א,ב) ומסתבר שממנו יצקו על ראש הכהן. אך בהלכה לא הוזכר כלי מסוים בקשר למשיחת הכהן הגדול. אמנם בקשר למשיחת המלכים מצאנו בכתוב ששאול ויהוא נמשחו ב'פך' (שמואל א, י,א; מלכים ב ט,א), כלומר בכד עשוי חרס, ואילו דוד ושלמה נמשחו מתוך קרן (שמואל א, טז,יג; מלכים א א,לט. ניתן לשער שקרן השמן היא קרן פרה או שור הבר משום שקרניהם חלולות ופתחן רחב די הצורך על מנת ליצוק לתוכן ומתוכן נוזלים, ובקרניים מעין אלו השתמשו עד לא מכבר). חז"ל דורשים מכאן: "דוד ושלמה שנמשחו בקרן נמשכה מלכותם שאול ויהוא שנמשחו מן הפך לא נמשכה מלכותם" (כריתות ו,א). לכן אולי גם את הכהן הגדול משחו בקרן, או אולי בכלי זהב מפואר, או בכלי שהכין משה. מכל מקום אין הדרכה מפורשת בעניין זה.

אגב, לא מפורש בחז"ל או ברמב"ם מי הוא זה המושח את הכהן הגדול, ובאברבנאל (שמות פרק ל) מובא שהיה זה נביא, כמו שמצאנו שמשה משח את אהרן.

על צורת המשיחה בין העיניים נאמר בגמרא (כריתות שם), שאת הכהנים מושחים כמין 'כי'. ככל הנראה הכוונה היא לצורת האות X הדומה לאות תי"ו בכתב העברי הקדום והיא אות החיים (ע"פ שבת נה,א ויחזקאל ט,ד) [להרחבה בעניין זה ראה תורה שלמה במילואים לפרשת תצוה, ובתוספתא כפשוטה תרומות עמ' 345, וכן בספרו של הגר"ש ליברמן 'יוונית ויוונות בארץ ישראל' עמוד 142-147].

שמן המשחה נגנז בסוף ימי הבית הראשון על ידי יאשיהו ומאז לא חזר (רמב"ם הלכות בית הבחירה ד,א), ולכן בבית שני לא משחו כהנים גדולים, אלא מינו אותם בלבישת הבגדים בלבד (הלכות כלי המקדש א,ח).