מצוות בניין המקדש היא מצווה נצחית, כדברי חז"ל: "כל מקום שנאמר 'לי', הרי זה קיים לעולם ולעולמי עולמים... בקדש הוא אומר: ועשו לי מקדש! במזבח הוא אומר: מזבח אדמה תעשה לי!" (ספרי במדבר פיסקה צב). מוני המצוות מונים מצווה זו כאחת מתרי"ג מצוות הנוהגות לדורות. כך אמרו חז"ל 'וכן תעשו – לדורות!" (ראה סנהדרין טז,ב; שבועות טו,א. ראה ספר המצוות להרמב"ם עשה כ; סמ"ג עשה קס"ג; חינוך מצווה צה.). ואמנם, יש אומרים שהכנת המנורה היא פרט ממצווה זו (רמב"ם ספר המצוות שם), ויש אומרים שהיא מכשיר למצוות הדלקת המנורה (רמב"ן בהשגותיו לספר המצוות עשה לג).

אכן נאמר בגמרא (מסכת ראש השנה כד,א): "לא יעשה אדם בית תבנית היכל, אכסדרה תבנית אולם, חצר כנגד עזרה, שלחן כנגד שלחן, מנורה כנגד מנורה", אך כוונת הדברים היא שאסור לאדם לעשות שולחן או מנורה לצורכו האישי, או לצורך אדם אחר. אולם, מותר לעשות מנורה כדי שניתן יהיה להדליק בה נרות בבית המקדש, או לעשות שולחן כדי לערוך עליו את לחם הפנים. כאשר עושים את כלי המקדש למטרה זו, לא רק שהדבר מותר, אלא זו גם מצווה מפורשת בתורה, כפי הנזכר בפרשת תרומה (שמות פרק כה) וברמב"ם (הלכות בית הבחירה פרק א). מכון המקדש מכין את כלי המקדש לצורך העבודה במקדש, כאשר הדבר יתאפשר, ולפיכך אין בזה חשש איסור, אלא זו מצווה מן התורה.