לענ"ד נראה שלא כמו שכתבת, שעדיין לא תיקנו את התפילות. ראה רמב"ם הלכות תפילה ונשיאת כפים פרק א הלכה ד: "וכיון שראה עזרא ובית דינו כך עמדו ותקנו להם שמנה עשרה ברכות על הסדר, שלש ראשונות שבח לה' ושלש אחרונות הודיה, ואמצעיות יש בהן שאלת כל הדברים שהן כמו אבות לכל חפצי איש ואיש ולצרכי הציבור כולן", ומקורו בגמרא מגילה יז,ב: "אמר רבי יוחנן, ואמרי לה במתניתא תנא: מאה ועשרים זקנים ובהם כמה נביאים תיקנו שמונה עשרה ברכות על הסדר" וכן בברכות לג,א: "אנשי כנסת הגדולה תקנו להם לישראל ברכות ותפלות קדושות והבדלות". יתירה מכך במסכת סוכה (נג,א) מובאת הברייתא שממנה עולה שהתפילה נהגה בזמן המקדש: "תניא, אמר רבי יהושע בן חנניה: כשהיינו שמחים שמחת בית השואבה לא ראינו שינה בעינינו. כיצד? שעה ראשונה - תמיד של שחר, משם - לתפלה, משם - לקרבן מוסף, משם - לתפלת המוספין, משם - לבית המדרש, משם - לאכילה ושתיה, משם - לתפלת המנחה, משם לתמיד של בין הערבים, מכאן ואילך - לשמחת בית השואבה", ואף הכהנים עצמם התפללו במקדש כחלק מן העבודה, כמובא במשנה בתמיד: "אמר להם הממונה: ברכו ברכה אחת! והם ברכו. קראו עשרת הדברות, שמע והיה אם שמוע ויאמר, ברכו את העם שלש ברכות: אמת ויציב, ועבודה, וברכת כהנים, ובשבת מוסיפין ברכה אחת למשמר היוצא" (תמיד לב,ב. וראה מאמרו של הרב ישראל אריאל: 'כוהנים בתפילתם במקדש - התפילה במקדש כאחת ממצוות הכהונה', מעלין בקודש גיליון 4). נמצא שכבר בתחילת ימי בית שני תקנו לישראל תפילות, ואם כן התפללו ביום כיפור את התפילות שתקנו להם.

ראיה לדבר מדברי פילון האלכסנדרוני, פילוסוף יהודי שחי בימי הבית השני באלכסנדריה של מצרים (נפטר כשלושים שנה לפני חורבן המקדש), וכתב בספרו "על החוקים לפרטיהם" (ב, 196): "מאחר שאותו היום כולו מוקדש לתחינות ולעתירות, ומן הבוקר ועד לערב אין האנשים מבלים את זמנם בשום דבר אחר אלא בתפילות מפגיעות מאד, שבהן הם משתדלים לכפר את פני אלוקים, ומבקשים סליחה על חטאיהם במזיד ובשוגג", ומשמע מדבריו שהרבו בתפילות יום זה בוידויים, כפי שאנו נוהגים היום.

כמו כן, ודאי עסקו גם בקריאת התורה בפרשיות השייכות לתשובה וליום הכיפורים, שהרי קריאת התורה תפסה חלק מרכזי מהעבודה בבית הכנסת באותה תקופה, וגם בשבתות ובשאר ימים טובים היתה הקריאה בתורה חלק עיקרי מסדר התפילה.

לסיום אעיר, שלמרות שאין חובה לעלות ליום כיפור לבית המקדש, רבים הקדימו את בואם והגיעו לירושלים כבר ביום הכיפורים. יש לזה ראיות רבות, ואין כאן המקום להאריך.