המשנה בזבחים (יד,ו) מונה את "התחנות" בהן המשכן עבר, והיא מתארת את שילה כמשכן השלישי: א. במדבר. ב. גלגל. ג. שילה. ד. נב. ה. גבעון. המשכן בשילה התאפיין בכך שלא היה לו תקרה אלא בית של אבנים מלמטה ויריעות מלמעלה.
הרמב"ם בפירוש המשנה (שם) כותב שכאשר חרב מקדש שילה הקימו אוהל מועד שנעשה במדבר בנוב. דברי הרמב"ם מתחברים לספר ירמיה שם מתאר הנביא את משכן שילה חרב (ירמיה ז,יב-יד) ומזהיר את עם ישראל שמה שקרה למשכן שילה יקרה לבית המקדש. בספר תהילים נאמר: "ויטוש משכן שילו, אוהל שיכן באדם" (תהילים עח,נח-סו), משמעות הפרק שהמשכן חרב באותה מלחמה שבה נשבה הארון (רש"י תהילים עד,ח).
כתב החזו"א (קדשים קמא מא,יח) שהמשכן בשילה הועתק משילה לנב, יש לזה קצת סמך מהגמ' סוטה (ט,א) שמשמע שהמשכן בשילה לא נחרב ע"י הגוים אלא המשכן עם קרשיו, בריחיו ועמודיו נגנזו כשבנו את בית המקדש הראשון ואפשר לומר שהכוונה ליריעות שנגנזו, לעומת המשכן אבנים שנחרבו על ידי הגויים.
כיום מיקומו של משכן מזוהה "בתל שילה" בחלק הצפוני של התל.