שלום רב! יישר כח על השאלה המעניינת!
במסכת הוריות יג ע"ב נאמר ש"יש אומרים" שהמניח כליו תחת מראשותיו הרי זה משכח את הלימוד. נראה שהדבר שנוי במחלוקת, ואין כל תימה אם במקדש לא חששו לזה.
מאידך, אין קושיה על דעה זו ממה שנהגו במקדש, מאחר שגם המנהג במקדש לא ברור, האם הניחו את הבגדים תחת ראשיהם או כנגד ראשיהם (עיין יומא סט ע"א, דברי רב פפא ורב אשי).
מכל מקום, שאלתך נדונה באחרונים, עיין באר שבע בהוריות יג ע"ב שהקשה כך (ותירץ לפי הדעה שהבגדים לא הונחו תחת ראשי הכהנים אלא מצידם, בגלל איסור כלאים). ויש שחילקו בין בגדים של האדם עצמו לבין בגדי זולתו, ובגדי הכהונה הם הקדש ואינם פרטיים, או שבבית המקדש אין חשש לשכחה, עיין יביע אומר ח"ט או"ח סי' צה אות א.
הרב יוסף חיים זוננפלד (שו"ת שלמת חיים, עניינים שונים, סי' צד) כתב שהגורם לשכחה הוא דווקא כשרגיל לעשות כך, ולא למספר ימים בשנה כמו הכהנים במשמרותיהם. באופן כללי, את הדברים ש"קשים לשכחה" ראוי לפרש על פי ההגיון האנושי המקובל (עיין במאירי בהוריות שם וב'מכתב מאליהו' לרב דסלר ח"ה עמ' 116).
לפיכך, מסתבר שהבעיה בהנחת הבגדים תחת מראשותיו בשעת השינה היא שזה גורם לבגדים להתלכלך ולהתקמט בשינה, והדבר מעיד על חוסר סדר בחיים. וזהו הגורם לשכחה, כלומר, זהו סימן וגם גורם לכך שהאדם לא מסודר בהלך רוחו ובלימודו. לאור זאת, מסתבר שמדובר כאשר לאדם יש ברירה להניח כרית תחת ראשו והוא מעדיף את הבגדים שילבש מחר, והוא עושה זאת כמנהג של קבע. לעומת זאת הכהנים במקדש, בהנחה שאין להם ברירה אחת לישון בנוחות והם עושים זאת רק במשך ימים ספורים, אין בזה בעיה.